蚂蚁集团的所有股份中，员工持股平台占有的份额最多，合计超过一半。阿里巴巴持股超过三分之一。马云为集团实际控制人。
根据招股书，持股比例达到两位数的股东共计三家。其中，君瀚、君澳作为蚂蚁的员工持股平台，分别持有蚂蚁29.86%和20.66%的股份，为控股股东，两者合计持有50.5177%的股份。发行完成后，君瀚、君澳合计持股将不低于40%。
阿里巴巴公司持有32.65%的股份。发行完成后，阿里巴巴持股将约为25.84%。
全国社保基金目前持有约2.93%的股份。发行完成后，全国社保基金持股将约不低于2.9%。
马云个人持股比例不超过8.8%，远低于公司在2000年注册成立时的80%。他还宣布捐出6.1亿股蚂蚁股份做公益，相当于蚂蚁发行后总股本的2%。
以下为截至招股说明书签署之日，蚂蚁集团的前十大股东：
蚂蚁集团的国有股东于发行前持股情况如下：
实控人：马云
截至本招股说明书签署之日，持有发行人 5%以上股份或表决权的主要股东、实际控制人（及实际控制人在杭州云铂层面的一致行动人）持股情况如下：
其中，杭州云铂为杭州君瀚和杭州君澳的普通合伙人和执行事务合伙人，杭州君瀚和杭州君澳同受杭州云铂控制，杭州君瀚及杭州君澳共同为公司控股股东。马云持有杭州云铂34%的股权，井贤栋、胡晓明及蒋芳分别持有杭州云铂22%的股权。
基于这种安排，马云能够实际支配杭州云铂股东会与行使蚂蚁集团股东权利相关事项的表决结果，并通过杭州云铂控制的杭州君瀚及杭州君澳间接控制发行人50.5177%的股份，为蚂蚁集团的实际控制人。
在杭州云铂股东会相关决议事项上，井贤栋、胡晓明及蒋芳为马云的一致行动人。
蚂蚁“帝国”
截至2020年6月30日，蚂蚁集团共有境内控股子公司70家，境外控股子公司98家，参股的合营及联营公司58家，未设立分公司。
其中，重要子公司共有20家，其中14家重要境内子公司，6家重要境外子公司。
重要境内子公司包括支付宝、重庆市蚂蚁商诚小额贷款有限公司、重庆市蚂蚁小微小额贷款有限公司、蚂蚁金服、上海云钜创业投资有限公司、上海云鑫创业投资有限公司、蚂蚁胜信、蚂蚁智信、重庆万塘信息技术有限公司、浙江融信网络技术有限公司、天弘基金管理有限公司、蚂蚁（杭州）基金销售有限公司、国泰财产保险有限责任公司。