比较优势理论将整个国家作为一个整体，只关注自由贸易对于该国国民整体福利的增进，却没有考虑到不同利益群体之间的利益分配，导致贫富分化加剧。被进口产品替代的行业利益受损，这些利益群体选择用选票支持反对全球化的政客上台。
各国遵照比较优势理论进行贸易，在国际范围内进行分工和专业化，规模经济造成生产效率不断提升，供给不断增加，超过总需求，出现产能过剩和国内市场保护、贸易摩擦。
对于各个国家而言，基于比较优势进行的国际分工和全球化带来的是全球利益最大化，但对发展中国家而言实际利益却不是最大化。比较优势理论没有提供产业转型升级的路径，可能使发展中国家永远处于产业链的低端甚至出现产业空心化，对发展中国家的长期发展不利。为了实现产业转型升级，发展中国家采用战略性贸易政策，这对于发达国家维持自己在产业链上的高端地位很不利，引起发达国家的抵制。
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