DeepMind生物学重大突破引发质疑:除非公布代码,否则没人相信

作者: 钟黛
生物学家花了50年都解不出的“蛋白质折叠问题”,突然就被AI解决了?部分学者称这只是谷歌的炒作,因为这一“重大突破”只是基于数据库的样本,而现实生物世界中的蛋白质要丰富且复杂得多。

生物学家花了50年都解不出的难题,突然就被AI解决了?

Alphabet旗下英国人工智能公司DeepMind周一宣布可以精准预测蛋白质结构,并称这解决了关键的“蛋白质折叠问题”,从而彻底改变药物研发和医学。这一消息随后引发了学术界不小的质疑。

本周一,两年一度的国际蛋白质结构预测竞赛(CASP)公布结果,DeepMind开发的AlphaFold夺得头魁。AlphaFold是一种能够基于蛋白质的基因序列,利用AI预测蛋白质3D结构的系统。DeepMind表示,他们解决了关键的“蛋白质折叠问题”。

几乎所有的疾病,包括癌症和痴呆,都与蛋白质的功能有关。解决“蛋白质折叠问题”对包括新冠肺炎在内所有疾病的研究均有所帮助,人类未来也可能更快地研发更先进的新药物。

Nature官网当日即刊登这一重大突破,并称:“这将改变一切”。不过,一些学者认为AlphaFold已取得良好的进展,但不应被炒作为能解决“蛋白质折叠问题”。

伯明翰大学计算机科学系副教授Max Little对媒体说,AlphaFold仅仅是基于CASP挑战赛提供的数据库,在预测蛋白质的结构上显示出了一定的潜力。

现实生物世界中的蛋白质远比数据库的样本更为丰富多样。我们不能确定,AlphaFold在走出数据库之后,还能发挥多大的作用。

加州大学默塞德分校的结构生物学教授Michael Thompson认为,DeepMind声称能解决蛋白质折叠是“可笑的”

他在Twitter上写道:

坦率地说,这种炒作对任何人都没有好处。DeepMind夸下的海口永远不会兑现。除非DeepMind公布代码,否则没有一个人会在乎他们声称的突破。

Thompson承认AlphaFold在预测蛋白质结构上的进步令人印象深刻,但是他说这一进步并不等于解决了“蛋白质折叠问题”。

专注于深科技(deep tech)和健康赛道的风投人士Vishal Gulati也认为,AlphaFold的成就远不足以解决蛋白质折叠问题。

他说:

CASP极具难度,但与”蛋白质折叠问题“相比,CASP仅仅是一个游戏。

加州理工学院计算生物学教Lior Pachter将其称为“谷歌的炒作”

DeepMind迄今尚未公开最新版AlphaFold的代码。

2018年,DeepMind团队首次用初始版AlphaFold参加了CASP13比赛,当时他们也取得了最高的准确率。随后,DeepMind将参赛的相关代码发布在了全球最大的代码托管平台Github上。

当年,公众认为,2018版的AlphaFold对于医学没有太多实质性的用处。

今年,CASP挑战赛提供了包含逾17万种蛋白序列与结构的数据库。AlphaFold基于该数据库进行了训练,其预测的蛋白质结构取得了三分之二的准确率。

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