中国铁路总公司敲定机构编制，几乎承袭原铁道部所有职能。总部层面，原铁道部旧有的职能部门除公安局之外，其余部门被改换名称之后全数保留下来，此外，铁路总公司还增设了物资管理部等一些新的部门。